引言
年2月，医院MICU科杜斌教授团队（彭劲民医师作为第一作者）在JournalofInfection（IF=4.）上发表了一篇研究文章，比较了mNGS作为一线诊断方法与常规的微生物学检测（CMT）在免疫功能低下的疑似肺炎患者的支气管肺泡灌洗液（BALF）中的检测能力，评估了两种检测方式在不同类别病原体（例如细菌，真菌和病*）中的诊断准确率。研究结果显示在疑似肺炎的免疫功能低下的患者中，多种微生物感染非常常见，且mNGS作为一线检测方法时的总体诊断性能与CMT相似，当面临罕见病原体或无法进行CMT全面检查时，mNGS和CMT联合检测诊断可能是最佳的临床诊断策略。
01丨研究方法
1.研究设计
回顾性分析了年4月至年4月在医院ICU住院的的名免疫功能低下的疑似肺炎患者。根据入组标准，最终60例患者纳入标准进行分析。以上患者在进入ICU48小时内收集了BALF进行mNGS检测，并将同一份BALF与其他相关样本（例如血液和尿液）用于CMT，包括涂片、培养、抗原检测和多重PCR检测。
2.mNGS结果判定
由于目前缺乏解释mNGS结果的标准方法以及不同测序平台之间报告参数的多样性，本研究基于华大BGISEQ平台上的mNGS结果解读文件进行了衍生和修订，制定了具有临床意义的微生物（CSM）的标准。
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细菌（不包括分枝杆菌）、真菌（不包括霉菌）、病*和寄生虫：当微生物在物种水平上的相对丰度超过30％并且有其在肺部致病性的支持性文献证据，视为CSM。
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分枝杆菌：由于分枝杆菌污染的可能性低且核酸得率低，当在种水平上的严格比对序列数（SMRN）＞3时，视为CSM。
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霉菌：考虑到环境污染和核酸提取的效率，霉菌（包括曲霉菌、根霉菌和毛霉菌），经文献证明具有肺部致病性，当在种水平上的SMRN＞10甚至更高时，被认为是CSM。
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不论检出的微生物其相对丰度如何，都不应凭经验视为CSM，除非另有证据支持或经主治医师认为有临床价值。
同时，该研究中由两位具有免疫受损宿主感染管理专业背景的医生分别独立审查了所有患者的病历以及CMT和mNGS的结果，确定患者是否具有感染性或非感染性病因，并根据临床表现、实验室检查、胸部影像学，微生物学检查（包括CMT，确证试验和mNGS）和治疗反应确定病原体。当两位专家之间出意见分歧，无法达成共识时，则咨询另外的资深专家。
02丨研究结果
患者特征和病原体分布
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入组的60名患者中，根据临床表现、CMT和mNGS的回顾性研究，49例（82％）患者经微生物学确诊为肺炎（40例医院获得性肺炎和9例社区获得性肺炎）。其余11例患者（18％）被认为非感染性疾病，包括2例特发性间质性肺炎，2例肺部受累淋巴瘤，2例肺水肿，2例继发性机化性肺炎，2例系统性红斑狼疮相关性间质性肺疾病和1例肺癌。
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在明确病原体感染的49名患者中，有22名（45％）有一种微生物感染，而27名（55％）有多种微生物感染（包括15名为两种病原体感染，11名为三种病原体感染、1名为四种病原体感染）。其中41例（84％）真菌感染（30例耶氏肺孢子菌和22例曲霉菌），19例细菌感染（6例铜绿假单胞菌、4例鲍曼不动杆菌、3例结核分枝杆菌），14例病*感染（7例巨细胞病*和4例流感病*A/B）。
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铜绿假单胞菌、曲霉菌和CMV引起的肺炎更可能与多种病原体感染有关，而肺孢子菌肺炎（PCP）和肺曲霉病（IPA）则是最常见的存在多种病原体感染的肺炎。
CMT和mNGS诊断性能比较
1
对于所有病原体检测上，mNGS敏感性和特异性分别为61.2％和63.6％，CMT的敏感性和特异性分别为73.5％和90.9％，mNGS与CMT的诊断准确性（61.7%VS76.7%）无明显统计学差异。
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对于不同类型的病原体检测上，mNGS和CMT对细菌和病*感染的诊断准确率相当，但mNGS的敏感性较CMT高（94.4%VS89.5%，85.7%VS71.4%）；mNGS对真菌感染的诊断准确率较CTM低（76.7％VS99.2％），主要是因为在IPA上的诊断敏感性较低。
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30例PCP患者中，仅有3例（10%）通过染色方法检出阳性，28例（93.3%）通过PCR方法检出阳性。mNGS与PCR方法在PCP患者的诊断准确率相当（98.3%VS96.7%）。
表1CMT与mNGS在免疫功能低下的疑似肺炎患者中的诊断性能比较
03丨结果讨论
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该回顾性研究中，对60例ICU中免疫功能低下的疑似肺炎患者进行了诊断，其中耶氏肺孢子菌（61.2％）和曲霉菌（44.9％）为最常见的病原体。虽然大部分患者在ICU入院前已接受抗生素治疗，但在所有类型的病原体检测中，CMT的总体诊断性能与mNGS无明显统计学差异，分析可能与入组的患者为多病原感染的免疫受损人群且多为IPA患者有关。
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该研究显示BALF的mNGS的诊断性能因病原体类型而异，mNGS在鉴定肺炎病因方面的优势在于检测的全面性。除了曲霉菌以外，mNGS与CMT相比，可以更准确地诊断细菌、病*和肺孢子菌感染，分析与曲霉具有较厚的细胞壁导致核酸提取困难以及BALF中曲霉的含量较低有关。
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在临床应用中，使用mNGS的目的是为了提供更多CMT可检测的病原体以外的信息，尤其是在免疫功能低下的疑似肺炎患者中多种微生物混合感染非常普遍。当面临罕见病原体或某些实验室无法进行全面的CMT全面检查时，mNGS技术价值最高。
参考文献
Jin-MinPeng,BinDu,Han-YuQin,QianWang,YanShi,Metagenomicnext-generationsequencingforthediagnosisofsuspectedpneumoniainimmuno
